O nome do conjunto nasce do conceito de teatro autônomo, atribuído por Jefferson Miranda, diretor que assina o roteiro dos espetáculos do grupo, dedicando-se a uma pesquisa das formas que delimitam a relação entre narrativa e encenação.
Depois da primeira experiência, com Sísifo, 1989, inspirado em O Mito de Sísifo, de Albert Camus, o diretor encena Mann na Praia, 1992, em que o cenógrafo
Fernando Mello da Costa cria um espaço retangular, parcialmente inundado de água e povoado de máquinas e fragmentos arquitetônicos. Em 1994, estréia A Pequena Tereza, baseado em elementos recorrentes nos contos infantis, e
Minha Alma É Imortal, em que os espectadores, divididos em dois grupos, são acomodados em lados opostos do palco do teatro, separados por uma rotunda, de modo que cada grupo assista a cenas diferentes. No ano seguinte, apresenta 7x2=y - Uma Parábola que Passa pela Origem, e depois Scrooge, adaptação de
Jorge Caetano para a obra original de Charles Dickens.
Em 1996, A Noite de Todas as Ceias merece da crítica
Barbara Heliodora a observação de que a companhia "reafirma uma exemplar fidelidade à pesquisa de linguagens cênicas de intensa teatralidade, levada avante com grande e disciplinada execução".1
Em 1997, através do projeto Buscas, Rupturas e Transgressões - Processos Cênicos de Cias. de Repertório, o Teatro Autônomo leva para São Paulo dois de seus espetáculos e estréia o infantil Cadê o Bilu?, direção de Ricardo Santos. O crítico
Alberto Guzik escreve: "Minha Alma É Imortal busca a inovação também no formato cênico. (...) A história não tem um fio narrativo claro. Mas tanto no aspecto visual quanto no desenho de personagens supostamente 'normais', mas acossados por impulsos amedrontadores, Minha Alma É Imortal tem muito em comum com A Noite de Todas as Ceias. Há uma ninfomaníaca presa na armadura de uma saia do século 16, um paraplégico, um filho edipiano e sua mãe que tem horror ao corte do cordão umbilical, uma pregadora escatológica do fim dos tempos". E continua: "Jefferson Miranda faz dessas montagens um momento de exuberante teatralidade. A armadilha da condição humana é posta a nu com habilidade e muita ironia, seus espetáculos mostram um diretor capaz de ótimas sínteses e de uma identidade visual própria. Ele dirige com precisão e criatividade excelente elenco. Seu teatro devolve ao espectador o prazer da descoberta de propostas estimulantes e provocadoras".2
JORGE CAETANO EM "TIRADENTES"
No início da década de 90, Aderbal Freire-Filho dedica-se a personagens históricos, realizando: Lampião, do próprio Aderbal, voltado ao herói do cangaço, 1991; O Tiro que Mudou a História, dele e de Carlos Eduardo Novaes, sobre Getúlio Vargas, 1991; Tiradentes, Inconfidência no Rio, dos mesmos autores, sobre o conspirador mineiro, 1992. 
